Ae gurizada medonha, todo mundo deve tá contente com o seu xgl & compiz. eye candy, rodando no seu ubuntu ou suse, e tal.

Mas um problema sério ocorre quando tentamos usar alguma aplicação java que utilize o wswig para desenhar telas, no meu caso quando tento rodar o Netbeans, ele mostra uma tela em branco, embora seja possível clicar nos botões, mesmo sem vê-los.
Mas agora encontrei uma solução e resolvi compartilhar com quem estiver interessado em utilizar aplicações java no xgl.
O texto original está em inglês, e é um post de um fórum, clique aqui para ver.
Agora vai a minha versão, hehehe
A solução tomada para contornar este problema é utilizar um recurso multi-terminal usando o Xnest. O que fazemos é rodar outro gerenciador de janelas dentro do gnome com compiz, fazendo isso a rederização se dá por meio do Xserver e nao pelo XGL.
(O parametro -geometry: Width x Height + Xpos + Ypos)
Lembre-se que esta solução é temporária, pois acredito que logo esse problema tera uma solução disponibilizada. Mas enquanto isso, podemos usar isso, se a máquina aguentar, toca ficha!!
Espero ter ajudado, Falow!!
PS.:Aparentemente esse problema ocorre porque o java não vem preparado para renderizar em uma tela gerada pelo openGL. Existe a possibilidade quando compilares uma aplicação, habilitar o modo 3D. Eu não cheguei a testar isso ainda, mas acredito que deva funcionar.
Mais informações : System Properties for Java 2DTM Technology